Ekstrakurikuler bola voli melatih teknik dasar permainan bola voli seperti passing, servis, dan smes. Selain membangun kebugaran fisik dan ketahanan tubuh, kegiatan ini juga sangat efektif untuk melatih kerja sama tim, strategi, serta sportivitas peserta didik.

Ekstrakurikuler seni tari berfokus pada pelatihan gerak tari tradisional maupun kreasi daerah. Kegiatan ini bertujuan untuk melestarikan warisan budaya nusantara, mengasah ekspresi seni, serta meningkatkan rasa percaya diri siswa saat tampil di berbagai acara sekolah.

Ekstrakurikuler badminton atau bulu tangkis merupakan wadah bagi peserta didik untuk mengembangkan bakat dan minat di bidang olahraga raket. Kegiatan ini melatih ketangkasan, kecepatan, kebugaran jasmani, serta sportivitas antar siswa di lapangan.

Kegiatan ekstrakurikuler PMR di SMPN 3 Banyumas melatih para siswa-siswi tentang dasar-dasar kepalangmerahan, pertolongan pertama pada kecelakaan (P3K), serta menumbuhkan jiwa kemanusiaan, solidaritas, dan kesiapsiagaan dalam membantu sesama.